In een molecule wordt een xenonatoom [sub]54[/sub]Xe (2-8-18-18-8) omgeven door twee fluoratomen [sub]9[/sub]F (2-7).[br]De O-schil van xenon wordt opgevuld tot tien elektronen en de L-schil van fluor tot acht elektronen (octetconfiguratie).

Twee valentie-elektronen van het xenonatoom vormen elk een gemeenschappelijk elektronenpaar met een fluorelektron. De Lewisstructuur van xenondifluoride ziet er uit als volgt:

De drie atomen vormen een lineaire structuur.

We een kunnen een molecule xenondifluoride ook voorstellen als volgt: